אהוד אולמרט חרג מסמכותו בעת ששימש יו"ר מועצת מקרקעי ישראל, וגילה מעורבות יתר בגיבוש עסקת נדל"ן למכירת שטחים מסחריים בנמל יפו ממינהל מקרקעי ישראל לעיריית תל אביב. לדעת מבקר המדינה, המעורבות של אולמרט פגעה במעמד מינהל מקרקעי ישראל בעסקה, ואי הדיווח שלו על מעורבותו מנע ממועצת מקרקעי ישראל קבלת תמונה מלאה ומדויקת על התהוות העסקה. כמו כן, העסקה מנוגדת להחלטה קודמת של המינהל, למכור את השטחים במכרז. עקב זאת, ובעקבות בעיות אחרות שהתגלו בעסקה, שטרם מומשה, ממליץ המבקר למינהל לשקול שוב את ביצועה.

נמל יפו חדל לשמש נמל מסחרי ב-65', ומאז הוא משמש לדיג, נופש, מחסנים ומסעדות. ב-2003, יזם ראש העיר תל אביב, רון חולדאי, עסקה למכירת שני מבני מחסנים בנמל בשטח כולל של 11 דונם מ מינהל מקרקעי ישראל, המנהל את מתחם הנמל, לעירייה. במאי 2004 נחתם חוזה המכירה, שבמהותו מדבר על החלפת השטחים המדוברים בשטחים אחרים, בהם מגרש מכבי יפו, וחלק מהזכויות של העירייה בכפר שלם ובמגרש עירוני ברחוב קיבוץ גלויות, לרשות המינהל. העסקה טרם מומשה.

הביקורת העלתה, כי למינהל לא היה דו"ח שמאי על שווי המקרקעין, בעת החתימה על החוזה. העירייה הביאה דו"חות מטעמה שהעריכו את המקרקעין שלה ב-13.5 מיליון דולר. רק לאחר מכן נערכו בדיקות מטעם המינהל, שהעלו, כי שווי המקרקעין שהציעה העירייה כתמורה לשני המחסנים הגיע ל-2.3 מיליון דולר בלבד. לנוכח הפערים הגדולים, הצדדים נקלעו למבוי סתום על ביצוע העסקה.

מהדו"ח מתברר עוד, כי לפני כן, בדרך לגיבוש החוזה, גילה אולמרט מעורבות אישית, נפגש עם הצדדים, ואף מינה יועץ חיצוני לבחינת חילוקי הדעות בין העירייה למינהל. אותו יועץ הגיש גם את טיוטת החוזה הסופי בין שני הגופים, מסמך שקיבל את אישורו של אולמרט. בכל אותו זמן, הנהלת מינהל מקרקעי ישראל לא היתה מודעת לנוסח ההסכם, לא בוצעו עליו תהליכי בקרה ובדיקה מוקדמים, כנדרש לפי הנהלים.

אולמרט השיב למבקר המדינה, כי מעורבותו בנושא החלה לאחר שמנהל המינהל וראש העירייה פנו אליו ביחד, לאחר שלא הצליחו להגיע להסכמות בדבר הפתרון הראוי לגיבוש העסקה. אולמרט הוסיף, כי "מתווה העסקה, שעיקרו חילופי מקרקעין הוצגו על ידי מנהל המינהל, לאחר שעיריית תל אביב עמדה על דעתה, כי ניהול נמל יפו ושיווק האלמנטים הסחירים שבו ייעשה על ידה בלבד, ועמדתו של מנהל המינהל אומצה על ידי". לדבריו, משלא הצליח לקרב בין הצדדים, מינה את היועץ החיצוני לנסות ולגבש פתרון לבעיות מול העירייה, המינהל והשר. טיוטת ההסכם היתה, לטענת אולמרט, "בסיס לדיונים בהנהלת המינהל, והוכנסו בה שינויים ביוזמת גופים אלה, קודם שגובש לכדי הסדר סופי".

על כך העיר המבקר, שלא נמצאו ראיות לטענתו של אולמרט, שהפנייה אליו היתה הדדית. מהמסמכים עלה, כי רק חולדאי פנה אליו. עוד העיר המבקר, כי השר לא היה צריך להתערב במחלוקות בין שני הגופים, אלא להביא אותן לדיונים במועצה.

"שר התמ"ת, שהוא גם יו"ר המועצה השתתף באופן פעיל בגיבוש העסקה, בניסוח החוזה ובאישורו במועצה. מעורבותו של השר בעסקה הנדונה גלשה מהמותר לו בתור יו"ר המועצה. בהתערבותו בפעילות השוטפת של המינהל הוא פגע במעמד המינהל. ראוי היה שהשר ידווח למועצה על מעורבותו בגיבוש העסקה לפרטיה, בעת שזו דנה באישור החוזה, אולם הוא לא עשה כן. למשל, הוא לא גילה לחברי המועצה, כי הוא קיים מגעים עם ראש העירייה לפני חתימת החוזה וכי הוראות החוזה ותנאיו הובאו מראש לידיעתו ולאישורו. כך, נמנע מהמועצה לקבל תמונה מלאה ומדויקת לגבי התהוות העסקה", כתב המבקר.

עוד קבע לינדנשטראוס, כי העסקה בבסיסה מנוגדת להסכם עקרונות קודם שעליו חתומות העירייה, המינהל ומשרד האוצר, למכור את המחסנים במכרז. לפיכך, ומכיוון שהעסקה טרם מומשה, המליץ המבקר למינהל לפנות למועצה, כדי שזו תשקול מחדש את התייחסותה לעסקה, ותחווה את דעתה לגבי הדרך הראויה שבה על המינהל לנהוג במתחמים המסחריים של נמל יפו.